By Maglie da Calcio En su primera temporada terminó en el quinto lugar tras perder en playoffs ante Club Olimpo (baloncesto). Luego de una temporada con muchas lesiones y altibajos, el cervecero logró dar vuelta los playoffs de cuartos de final de conferencia, en Junín de visitante ganándole a Argentino la serie 3-2 luego de ir perdiendo 0-2. En semifinales de conferencia, el rival fue Obras Sanitarias, el mejor equipo de la fase regular en la conferencia sur, el cual también cae 3-2 de local ante el tricolor, siendo así el conjunto marplatense el que se clasifica a la final de la Conferencia Sur, ante Gimnasia Indalo, lo que marca la primera vez en su historia que llega a esta instancia y también, la primera vez en acceder a la Liga Sudamericana de Clubes. El “cervecero” volvió a hacer de local en el gimnasio de Once Unidos y retornó así a la Liga Nacional el 24 de mayo de 2013 ganando el cuarto partido de la serie por el segundo ascenso ante San Martín de Corrientes. Si se decidía aumentar la cantidad de equipos en la máxima división, Quilmes y Santa Paula de Gálvez estarían virtualmente ascendidos debido al tercer y cuarto puesto obtenidos en la Liga “B”.
En la definición por el tercer y cuarto puesto, Quilmes venció a Santa Paula de Gálvez, quedando en la tercera colocación. Luego de una temporada para el olvido salvándose del descenso en la última fecha, el tricolor armaría un plantel austero que marcaría la historia de la institución, en la última temporada de Vildoza en el club antes de ser transferido al Baskonia, Quilmes sería la sorpresa de los playoffs siendo el primer equipo marplatense de la historia en ganar un partido en Bahía Blanca, dando así vuelta la serie y clasificando para semifinales de conferencia contra Ferro, conjunto al que eliminaría en condición de visitante luego de un histórico partido de la nueva joya del club, Eric Flor, para luego cruzarse con San Lorenzo de Almagro en la final, quedando así eliminado pero accediendo a una nueva participación internacional. El cuadrangular se disputó en el Palacio Peñarol, de Uruguay, y el elenco tricolor quedó eliminado en instancias de semifinales.
Luego de un muy buen regreso a la máxima categoría en la temporada 2013-14, el conjunto quilmeño quedó eliminado en cuartos de final ante Peñarol, en una edición única del clásico, siendo la primera vez que se enfrentaban en esa fase de play-offs. En play-offs cayó ante Echagüe de Paraná en 4 partidos; perdiendo los dos primeros en Entre Ríos, ganando el tercero y cayendo en el último, ambos disputados en el Delmi. Teniendo planteles históricos, como el que salió tercero en la temporada 2001-02 conformado por Daniel Farabello, Lamont Boozer, Diego Cavaco, Ben Ebong, Pablo Gil y Rubén Wolkowyski, que había pasado por la NBA, además de los juveniles Matías Ibarra, Luis “Junior” Cequeira y el experimentado “Mofle” Horvat. Pero la vuelta a primera no fue auspiciosa, desaciertos de la dirigencia y técnicos y problemas con el armado del equipo, más la mudanza de la localía al Polideportivo fueron detonantes para un nuevo descenso, el tercero en su historia. En la temporada 1998-99, luego de armar uno de los mejores planteles de la temporada y comandado por Guillermo Vecchio, el equipo nunca logró formarse como tal y después de perder contra Belgrano de San Nicolás de local, descendió por primera vez en su historia.
Tras ser proclamado subcampeón local, integró un grupo con Deportivo Norte también marplatense, con Gimnasia y Esgrima de Tandil y con Sarmiento de Ayacucho. El baloncesto del club creció gracias al trabajo de un grupo de socios, entre ellos Oscar Rígano, Rubén Scartacini y “el Chueco” Villar, y con la conducción deportiva de Oscar Sánchez. Aquel equipo se apoyaba en el juego de Marcelo Vildoza, Eduardo Dominé y Jorge Faggiano en la media cancha y se hacía fuerte en la pintura gracias al trabajo de Manuel Forrest, Adolfo Perazzo y Fabián Crivaro. Pero se recompuso rápidamente y obtuvo el título del Torneo Nacional de Ascenso, su segundo lauro nacional, bajo la conducción técnica, nuevamente, de Oscar Sánchez y con Milton Bell como bandera del equipo. Tras el ascenso, se enfrentó a doble partido con Olimpia en Venado Tuerto para dirimir el título, que quedó en manos del equipo cervecero por “gol average”. Dos temporadas más tarde gracias a la campaña del conjunto capitaneado por Vildoza y comandado por Flor, el Cervecero clasificaría nuevamente a la Liga Sudamericana de Clubes. Éste último es más desconocido para el público español, nacido en Tudela, con 21 años, es el jugador que más dinero cobra en la NCAA gracias a su llegada a los Washington Huskies.