Dal 1998 fino al 2004, sulla maglia comparvero varianti consistenti in un ramarro stilizzato (inizialmente su fondo libero, poi inserito in un tondo suddiviso in pannelli pentagonali ed esagonali a formare un pallone da calcio) circondato dalla dicitura “Pordenone Calcio”. La rete della partita la sigla Del Piero (sua duecentesima rete con la maglia bianconera) al 73′ ma il Frosinone, seppur battuto, può tornare in Ciociaria a testa alta. I novanta minuti regolamentari terminano nuovamente con il risultato di 1-1, sicché la partita prosegue con i tempi supplementari, in cui il Frosinone va a segno con il capitano Frara e Viola, che fissano il risultato sul 3-1, e ottiene così la seconda promozione in Serie B della sua storia e il ritorno nella serie cadetta a tre anni di distanza dall’ultima partecipazione. I ciociari, partiti con il favore dei pronostici, guidano la classifica per diverse giornate con la promozione diretta che sfuma solamente all’ultima giornata di campionato, nello scontro diretto con il Perugia che sancisce la promozione degli umbri e condanna il Frosinone ai play-off. Questo trofeo prevedeva degli scontri diretti, al termine dei quali, ogni volta, il vincitore si portava a casa il trofeo per poi cederlo alla squadra sfidante che lo avesse battuto.

Nel girone di ritorno la squadra frusinate subisce un netto calo di concentrazione, ma riesce comunque a tenersi lontana dalla zona retrocessione fino al termine della stagione. I ciociari riusciranno comunque a conquistare il secondo posto al termine del torneo, proprio dietro al Napoli, che vale per il secondo anno consecutivo la disputa dei play-off. Pagliari non viene confermato per la stagione successiva, sostituito da Ivo Iaconi. L’estate del 2007 è caratterizzata da grandi trasformazioni in casa giallazzurra, a iniziare dal cambio in panchina: Ivo Iaconi lascia Frosinone per approdare all’Ascoli appena retrocesso dalla massima serie; a sostituirlo viene chiamato Alberto Cavasin, già tecnico di Fiorentina, Treviso, Lecce e Messina. In Serie D il Frosinone fu quinto nel 2000, mentre l’anno successivo dà vita a un appassionante testa a testa con i pugliesi del Martina. In tempi più recenti i croati hanno partecipato in tre occasioni alla fase gruppi della UEFA Europa League senza riuscire ad avanzare, mentre nella Champions League sono arrivati fino ai playoff dell’edizione 2017-2018, dove sono stati sconfitti dall’Olympiacos. Vincitore, a livello giovanile, di un campionato Primavera e un Torneo di Viareggio nelle file dell’Inter, nell’arco di tre stagioni in prima squadra ha conquistato tre scudetti, una Coppa Italia, una Supercoppa italiana e una Champions League.

La prima avversaria è la Sangiovannese: il Frosinone ottiene il passaggio del turno, nonostante un doppio pareggio per 0-0, grazie al miglior piazzamento in campionato. Benito, a sua volta presidente del club negli anni 1960. Stirpe chiamò a Frosinone Enrico Graziani come direttore generale. Per la prima volta nella storia del club ciociaro, tutte le partite esterne dei giallazzurri della stagione 2011-2012 sono state trasmesse in diretta dall’emittente televisiva Lazio TV. Secondo Football League Rankings, il sito prende le classifiche di tutti i club da FiveThirtyEight, le raggruppa nei campionati corrispondenti e calcola quello che chiama “l’SPI medio (Soccer Power Index) e la deviazione standard dei valori”. Cos’è una maglietta grigia nel football universitario? Tra le vittorie più importanti nel girone di andata figurano i 2-1 contro Bologna e Lecce e l’emozionante 1-0 contro il Bari, in cui il portiere Zappino para un rigore ai pugliesi nei minuti di recupero. Nella stagione 2013-2014 il Frosinone, ancora guidato da Stellone, è una delle squadre protagoniste del girone B del campionato di Lega Pro Prima Divisione. In campionato il Frosinone ottiene tre vittorie su tre partite (tra le quali spicca il successo esterno a Lecce) che pongono la squadra ciociara da sola in testa alla classifica di Serie B per la prima volta nella sua storia.

La stagione 2012-2013 ha visto il Frosinone disputare il campionato di Lega Pro Prima Divisione, nel girone B. Sulla panchina è chiamato Roberto Stellone, promosso come allenatore della prima squadra dopo aver vinto con la squadra dei Berretti il titolo nazionale, numero maglie juventus nella stagione precedente. Il girone d’andata si chiude con i ciociari in zona play-off, con 31 punti. Alla fine è secondo, pur avendo realizzato ben 81 punti. Il girone di andata si conclude con il Frosinone che chiude a metà classifica, in una posizione più che soddisfacente per una debuttante. Oltre alla capolista e all’ultima in classifica, le posizioni più interessanti da seguire sono quelle che riguardano i posti europei e la lotta per evitare la retrocessione. L’avversaria designata è il Mantova che vincendo entrambi i confronti, conquista la finale contro il Pavia, poi vinta, per la promozione in Serie B. I ciociari in stagione raggiunsero anche la finale della Coppa Italia di categoria, perdendola nel doppio confronto con lo Spezia.